Zakynthos wurde Gegenstand internationalen Interesses, da an der Südküste die Meeresschildkröte Caretta caretta ihre Eier ablegt. Diese seltene Tierart ist durch internationale Abkommen geschützt. In der Bucht von Lagana hat man begonnen, einen nationalen Naturschutzpark zu schaffen.  

An der steilen Westküste ist auch die Mittelmeerrobbe Monachus monachus heimisch, die ebenfalls geschützt ist.